La Comarca del Somontano posee un elevado número de los ambientes y especies recogidos en la Directiva Hábitat (LIC Lugar de Importancia Comunitaria) y Directiva Aves (ZEPA Zona de Especial Protección para las Aves), incluidos en la Red Natura 2000. Su finalidad es asegurar la supervivencia a largo plazo de las especies y los tipos de hábitat en Europa, contribuyendo a detener la pérdida de biodiversidad. Constituye el principal instrumento para la conservación de la naturaleza en la Unión Europea.

La superficie incluida en dicha Red ocupa más de la cuarta parte de la superficie comarcal, (29,81%).