El agua, protagonista del paisaje del Parque, es el refugio del cangrejo autóctono (Austropotamobius pallipes), de la trucha (Salmo trutta) y del “guardafuentes” o tritón pirenaico (Euproctus asper), un anfibio endémico de los Pirineos que respira a través de su piel gracias al oxígeno que posee el agua pura que habita. En las orillas de los ríos pueden verse garzas reales (Ardea cinerea), martines pescadores (Alcedo atthis) y mirlos acuáticos (Cinclus cinclus) aves que, como el tritón, son indicadores de ríos limpios y sin contaminar.

La roca, el otro gran escenario de la vida salvaje, acoge parejas de alimoches (Neophron percnopterus), águilas reales (Aquila crhysaetos), halcones peregrinos (Falco peregrinus) o búhos reales (Bubo bubo). El majestuoso quebrantahuesos (Gypaetus barbatus) amo de los cielos de Guara, es una bellísima rapaz de inquietantes ojos amarillos y rojos, enmarcados por un negro antifaz. En peligro de extinción, el Parque protege varias parejas reproductoras. Es capaz de tomar huesos de cadáveres abandonados por otras especies de carroñeras, y lanzarlos contra canchales de piedra para romperlos y poder engullirlos. Al filo de los acantilados planean otras rapaces. El buitre leonado (Gyps fulvus) forma colonias en las paredes rocosas donde las aves más inexpertas ocupan los lugares más expuestos. Hacia el amanecer espera en las repisas de los cantiles a que el sol caliente el aire y se formen las corrientes térmicas sobre las que planear y ascender. Arranca dándose un impulso y apenas mueve sus alas, ganando altura rápidamente con sólo imperceptibles movimientos de la cola. De este modo vuela sin esfuerzo hasta que al atardecer, regresa a la buitrera para descansar. Esta enorme riqueza de aves rapaces se completa con un interesante grupo de especies forestales como el gavilán (Accipiter nisus), el azor (Accipiter gentilis) y el busardo ratonero (Buteo buteo), lo que le valió al Parque la declaración de Zona de Especial Protección para las Aves.

El ecosistema del bosque mediterráneo es uno de los más ricos y variados en fauna. La producción elevada de bellotas facilita la vida de roedores y por lo tanto, de sus depredadores, pequeños carnívoros como la silenciosa jineta (Genetta genetta) o la garduña (Martes foina), ambas de costumbres nocturnas. El rastro del zorro (Vulpes vulpes) se detecta con facilidad en caminos y pistas, con su pisada en forma de “X”. Su capacidad de adaptación no sólo ha evitado su extinción sino que lo ha convertido en el carnívoro más abundante. También habita aquí el jabalí (Sus scrofa), principal especie cinegética de la comarca.