Het water, dat een belangrijke rol speelt in het landschap van het nationaal park, is een toevlucht voor de inheemse zoetwaterkreeft (Austropotamobius pallipes) en de pyreneeënbeeksalamander (Euproctus asper), een inheemse amfibie die door zijn huid ademt dankzij de zuurstof die zich in het zuivere water bevindt. Aan de oevers van de rivieren bevinden zich zilverreigers (Ardea cinerea), ijsvogels (Alcedo atthis) en waterspreeuwen (Cinclus cinclus). Zowel de aanwezigheid van deze vogels als de aanwezigheid van watersalamanders tonen aan dat er sprake is van heldere, niet vervuilde rivieren.
De rotsen, die een ander belangrijk aspect van de wilde natuur vormen, trekken aasgieren (Neophron percnopterus), steenarenden (Aquila chrysaetos), slechtvalken (Falco peregrinus) en oehoes (Bubo bubo) aan. De indrukwekkende lammergier (Gypaetus barbatus), heer en meester in de lucht van Guara, is een prachtige roofvogel met angstaanjagende geelrode ogen, die omlijst worden door een zwart masker. Omdat deze diersoort met het uitsterven bedreigd wordt, zijn enkele lammergierparen in een beschermingsprogramma van het park opgenomen. Deze beesten zijn in staat om de botten van de door aasgieren achtergelaten kadavers tegen grote stenen stuk te slaan en te verzwelgen. Aan de rand van de kliffen vliegen andere roofvogels.
De vale gier (Gyps fulvus) bouwt een nest in de rotswanden waar de meest onervaren vogels op kwetsbare plekken gaan zitten. Bij het aanbreken van de dag wacht de vale gier totdat de zon de wind heeft verwarmd en er opstijgende warme luchtbellen ontstaan die de ideale omstandigheid vormen voor de gier om in de lucht te zweven en op zoek te gaan naar een prooi. In een impuls zet de gier zich af van de grond en met slechts enkele onwaarneembare staartbewegingen, waarbij hij zijn vleugels stilhoudt, weet hij snel hoogte te maken. Op deze manier houdt hij het vliegen moeiteloos vol tot zonsondergang, waarna hij terugkeert naar zijn nest om uit te rusten. Daarnaast zijn er bosroofvogels aanwezig, zoals de sperwer (Accipiter nisus), de havik (Accipiter gentilis) en de buizerd (Buteo buteo). Deze rijke verzameling aan roofvogels heeft ervoor gezorgd dat het nationaal park is verklaard tot speciale beschermingszone voor vogels.
Het mediterraanse bos heeft één van de meest gevarieerde ecosystemen en herbergt een rijke fauna. De grote hoeveelheid eikels vergemakkelijkt niet alleen het leven van knaagdieren, maar ook van roofdieren, waaronder kleine geruisloze carnivoren zoals de genetkat (Genetta genetta) en de steenmarter (Martes foina), die beide 's nachts op jacht gaan.
De vos (Vulpes vulpes) is gemakkelijk te herkennen aan zijn voetsporen, aangezien de vorm een “X” hebben. Door zijn grote aanpassingsvermogen wordt de vos niet met uitsterven bedreigd en behoort hij zelfs tot de meest voorkomende carnivoren. Daarnaast zijn er everzwijnen (Sus scrofa) aanwezig. Zij vormen die belangrijkste jachtdieren van de comarca.
