L’église de Santa María fut construite en deux étapes. Lors d’une première phase on construisit le chevet, la première section de la nef et les deux chapelles ouvertes sur celle-ci. Ces éléments furent ajoutés à la nef principale de l’église romane qui se trouvait ici originellement.

Les travaux s’arrêtèrent jusqu’en 1558. Le Conseil de Castellón del Puente engagea alors deux maîtres carriers de Guipuzcoa pour démolir ce qui restait de la vielle église et pour construire la tour, trois section de plus à la nef et deux nouvelles chapelles, tout cela dans une structure similaire aux pièces déjà existantes.

L’homogénéité du résultat final de l’oeuvre s’imposa sur les nouvelles tendances du XVIe siècle, si bien qu’au lieu de couvrir la nef de grandes voûtes en croisée d’ogive étoilée, comme celles que l’on construisait à l’époque dans tout le Somontano, ici on continua d’utiliser de simples voûtes en croisée tripartites, aux grosses nervures archaïques.

Sur les murs extérieurs du temple, on observe aisément des signes lapidaires et des marques. Beaucoup de maîtres carrier, pour s’identifier, avaient une signature personnelle, une marque qui servait à reconnaître leur travail, utile pour comptabiliser les pièces et pour en prouver l’auteur: pièce taillée et marquée, pièce pour laquelle on est payé.

La tour clocher, visible depuis plusieurs kilomètres de distance, est l’une des plus belle du Somontano. L’harmonie de ses proportions et le langage classique utilisé dans sa décoration, en font une oeuvre de référence pour l’époque.

Ainsi, dans le contrat de la tour de l’église de Ponzano, signé aussi avec les maîtres carriers de Guipuzcoa, il était spécifié qu’elle devait être conforme à celle de Castillon de la Puente.

On construisit y quatre tourelles, adossées à sa deuxième section, et ouvertes aux quatre points cardinaux, pour conjurer ou éloigner les orages, desquelles on avait une peur panique.

On pensait qu’ils étaient provoqués par les sorcières (certains les avaient même aperçu chevauchant de grands nuages, qu’elles dirigeaient pour provoquer des tempêtes de grêle) et on racontait aussi que dans chaque grêlon, on pouvait trouver un cheveu de sorcières. Pour éloigner les orages on prononçait des formules dans la direction des quatre points cardinaux et on faisait sonner les cloches.

Sur quatre des pans de ce corps octogonal, il y a des niches voûtées, sur l’une d’elles, une gravure indique la date de construction.