La Comarca del Somontano posee un elevado número de los ambientes y especies recogidos en la Directiva Hábitat (LIC Lugar de Importancia Comunitaria) y Directiva Aves (ZEPA Zona de Especial Protección para las Aves), incluidos en la Red Natura 2000. Su finalidad es asegurar la supervivencia a largo plazo de las especies y los tipos de hábitat en Europa, contribuyendo a detener la pérdida de biodiversidad. Constituye el principal instrumento para la conservación de la naturaleza en la Unión Europea.

La superficie incluida en dicha Red ocupa casi la mitad de la superficie comarcal (48.122,19 h - 41,37%).

Es un impresionante cañón kárstico excavado por el río Ésera. Al sur incluye la sierra de la Carrodilla, con altitudes superiores a los 1.000 m. Destacan los sotos de ribera, los bosques de encinas y quejigos y una interesante fauna y flora rupícola con algunos endemismos.

Comprende los tramos medios y bajos de ambos ríos, que actúan como corredor biológico entre el Prepirineo y el fondo del valle del
Ebro. Destacan la vegetación de ribera, con saucedas, choperas y alamedas y una rica fauna acuática (especialmente aves).

Se sitúa entre las regiones biogeográficas alpina y mediterránea, por lo que su principal valor es la biodiversidad. Desde el punto de vista del relieve, destacan las formaciones kársticas. Con respecto a la flora, su valor más destacado es la abundancia de endemismos asociados a cantiles rocosos, gleras y canchales.